Insofern Du mit "Google Remarketing Code" das ganz normale Google Analytics meinst, brauchst Du lediglich Deine GA-Nummer unter Datei -> Website- und FTP-Eigenschaften... -> Erstellen -> Google Analytics -> Kontonummer einzutragen.
Wenn Du von etwas anderem sprichst (mir persönlich ist ein "Google Remarketing Code" nicht bekannt, da ich auch keinen Shop betreibe), trage den dazugehörigen HTML-Code einfach in der navigation.ccml des von Dir verwendeten Designs ein, und dort wie gefordert vor dem schließenden </body>-Tag.
In beiden Fällen gilt:
Projekt neu erstellen ("differentiell" sollte reichen) und veröffentlichen, damit die Änderung auch wie gewünscht greift.