Meiner Meinung nach solltest Du die alten Ordner Deiner ehemaligen Classic-Präsenz mal vom Webserver löschen, also /downloads, /club-intern, /mitgliederdatenbank und /termine.
Pro Web selbst legt keine inhaltlichen Ordner auf dem Server an, sondern bildet diese virtuell via Apache-Modul mod_rewrite. Die Inhalte dieser Ordner liegen technisch in der MySQL-Datenbank. Die PHP-Struktur sorgt zusammen mit den .htaccess Dateien aus dem Basis-Ordner und dem Ordner /content für die ordnungsgemäße Umsetzung der im Browser aufgerufenen Verzeichnispfade und -dateien.
Achtung:
Der Ordner /assets wird auch von Pro Web installiert und nativ verwendet, darf also auf keinen Fall gelöscht werden! Darin sollte sich aber lediglich eine index.php befinden und ein weiterer Ordner /downloads (darin wiederum eine .htaccess). Den Rest aus dem /assets Ordner stammt aus Deiner früheren Präsenz und kann ebenfalls gelöscht werden.
Hinweis:
Dies ist meinerseits keine explizite Aufforderung zum Löschen, sondern stellt lediglich meine Empfehlung dar. Womöglich hast Du ja irgendwelche triftigen Gründe für die Existenz dieser Alt-Ordner und -Dateien aus w2d bzw. Siquando Web.