Wenn Du an der .htaccess fummelst, mußt Du exakt (!) wissen, was Du da genau machst, sonst geht das wie in Deinem Fall auf deutsch gesagt "voll in die Hose".
Nachfolgend Dein Code mit den zu ändernden bzw. zu entfernenden Zeilen (grün: Pro Web Standard, bleibt / rot: löschen / blau: ändern):
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTPS} !=on
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^GET
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/assets/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/classes/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/images/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/js/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/rest/
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/store/
RewriteRule ^/?(.*) https://%{SERVER_NAME}/$1 [R,L]
RewriteRule ^sitemap\.xml$ /sitemap.xml.php [L]
RewriteRule ^robots\.txt$ /robots.txt.php [L]
</IfModule>
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTPS} off
RewriteRule (.*) https://%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [R=301,L]
</IfModule>
#mod_gzip_on Yes
###AddOutputFilterByType DEFLATE text/css application/x-javascript text/x-component text/html text/richtext text/javascript image/svg+xml text/plain text/xsd text/xsl text/xml image/x-icon application/javascript application/rss+xml
RewriteEngine On
RewriteCond %{SERVER_PORT} !^443$
RewriteRule (.*) https://%{HTTP_HOST}/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.sempervivum-saxifragen\.de$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ https://www.sempervivum-saxifragen.de/$1 [L,R=301]
Die blauen Zeilen ersetzen durch folgendes:
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^(www\.sempervivum-saxifragen\.de)?$ [NC]
RewriteRule (.*) https://www.sempervivum-saxifragen.de/$1 [R=301,L]
Viel Erfolg!